解决工程合同纠纷的方法有协商和解、调解、仲裁和诉讼。如果当事人选择诉讼方式的，则应在3年的诉讼时效期间内向法院提起诉讼。常见的工程合同纠纷有效力纠纷、监理合同纠纷等。
一、
解决工程合同纠纷的方法
解决工程合同纠纷的方法有：
1.和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。
2.调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式，一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。
3.仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。
4.诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。合同纠纷经人民法院审理并作出判决后，当事人对人民法院作出的发生法律效力的判决书，调解书必须履行，拒不履行的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。
二、
工程合同纠纷的诉讼时效
工程合同纠纷的诉讼时效为三年，我国法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。超出诉讼时效的，将丧失胜诉权。
根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、
工程合同纠纷的情形
找法网提醒您，建设工程合同纠纷有：
1.勘察、设计、施工、监理合同纠纷;
2.工程合同的效力纠纷;
3.合同无效结算纠纷;
4.黑白合同纠纷;
5.工程款结算采取何种标准纠纷;
6.工程质量、工期、农民工利益纠纷。
法律依据：《民法典》
第七百八十八条 建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
第七百九十四条 勘察、设计合同的内容一般包括提交有关基础资料和概预算等文件的期限、质量要求、费用以及其他协作条件等条款。