在法律层面上企业合并应该遵循的程序是提出合并方案或合并计划，股东会表决通过后，签订合并合同并编制资产负债表和财产清单，接着是实施债权人的保护程序，最后办理相应的登记手续即可。
一、
在法律层面上企业合并应该遵循怎样的程序
在法律层面上企业合并应该遵循的程序如下：
1.董事会提出合并方案或者合并计划。公司法授予公司董事会“拟定公司合并方案”的职权。
2.股东会(大会)表决通过合并决议。公司法规定合并要有合并各方股东会(大会)做出特别决议。
3.签订合并合同并编制资产负债表和财产清单。合并各方必须对合并的形式、条件、支付方式以及双方的其他权利义务做出规定并编制资产负债表和财产清单。
4.实施债权人的保护程序。实施债权人的保护程序，即在做出合并的决议后通过邮寄、公告等方式通知债权人，要求其在规定的时间内可对合并提出异议。公司法规定，自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上至少公告三次。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自第一次公告之日起九十日内，债权人有权要求公司清偿债务或者提供担保。不清偿债务又不提供担保的，公司不得合并。
5.公司合并应当办理相应的登记手续。合并其他公司的公司应当于公司合并之后就发生变化的登记事项向登记机关申请办理变更登记;被合并的公司应到登记机关依法办理注销登记手续。
二、
公司合并的主要形式有什么
1.吸收合并。取得另外一家或几家其他企业的资产和负债，继续保留其法人地位，而另外一家或几家企业合并后丧失了独立的法人资格；
2.新设合并。可以由新设公司以倾向资金购买部分参与合并公司的资产或股份；新设公司发行新股的，消失各公司的股份转化为新公司的股份。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第一百七十二条
公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。
三、
企业合并后员工合同怎么处理
找法网提醒您，企业合并后员工合同的处理如下：
公司合并后，员工和原公司签订的劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
但是用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。