合法赔偿专利权侵犯的方式是根据遭受的实际损失进行计算赔偿，参照该专利许可使用费的倍数来确定赔偿的等。专利侵权起诉流程有咨询、诉前、诉讼文书准备、审理和判决。
一、
如何合法赔偿专利权侵犯
如下合法赔偿专利权侵犯：
1.按照权利人因被侵权所遭受到的实际损失或者侵权人因侵权所获得的利益；
2.参照该专利许可使用费的倍数合理确定；
3.故意侵犯专利权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定。
根据《专利法》第七十一条第二款、第三款的规定，权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予三万元以上五百万元以下的赔偿。
赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
二、
专利侵权起诉流程有哪些
找法网提醒您，专利侵权起诉流程有如下的：
1.咨询。向律师详细介绍案件的基本情况，确定最佳诉讼策略，签订委托代理书；
2.诉前。确定管辖法院，就诉前保全进行充分沟通，诉前要固定好被诉方的侵权证据；
3.诉讼文书准备。
4.审理和判决。
三、
专利侵权起诉需要准备的材料
专利侵权起诉需要准备的材料包括专利权人委托代理人的授权委托书，民事诉讼状;证据保全申请;财产保全申请；
专利权人的权利证明，主要包括：专利权证书，包括授权权利要求书、说明书及附图。
被告实施侵犯专利权行为的证据，主要包括：侵权人生产、销售的被控侵权产品。
有关侵权人情况的证据，包括：侵权人确切的名称、地址、企业性质、注册资金、人员数、经营范围等情况，如果侵权人是法人，需要提供工商行政管理局出具的工商登记资料。