自然人股权转让要缴纳印花税和个人所得税，印花税适用万分之五的税率，个人所得税适用百分之二十的税率。自然人股权转让纳税所需的材料根据纳税的项目有所不同，如个人所得税需要的材料有股权转让合同、股权转让双方身份证明、股权原值的证明资料等材料。
一、自然人股权转让要缴纳什么税
自然人股权转让要缴纳下列税费：
1.印花税。属于产权转移书据。税率为万分之五。
2.个人所得税。根转让股权所得属于财产转让所得应税项目，应按照20%的税率计征个人所得税。应纳税额=应纳税所得额*适用税率=（股权转让收入-股权原值-合理费用）*20%。提醒您注意，这里的合理费用指的是转股时按规定支付的有关税费，包括股权转让时发生的印花税、附加税、资产评估费、中介服务费等等。
二、自然人股权转让纳税所需材料
自然人股权转让纳税所需材料根据需要交纳的税种有所不同，例如个人所得税需要下列材料：
1.股权转让合同（协议）复印件；
2.股权转让双方身份证明复印件；
3.股权原值的证明资料；
4.股权转让合同（协议）签订日被投资企业上个月的财务报表；
5.按规定需要进行资产评估的，需提供具有法定资质的中介机构出具的净资产或土地房产等资产价值评估报告；
6.主管税务机关要求报送的其他材料。
三、自然人股权转让纳税的义务
自然人股权转让纳税需要履行如下义务：
1.事先报告义务
扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关。被投资企业应在董事会或股东会结束后5个工作日内，向主管税务机关报送与股权变动事项相关的董事会或股东会决议、会议纪要等资料。
2.纳税申报义务
在股权转让行为发生后，纳税人、扣缴义务人应在次月15日内向主管税务机关申报纳税。
3.事后报告义务
被投资企业发生个人股东或股东所持股权变动的，应在次月15日内向主管税务机关报送含有股东变动信息的“个人所得税基础信息表（A表）”及股东变更情况说明。