处理非法建筑的方式是可以向县级以上人民政府主管部门进行反映，再由县级以上人民政府调查后责令相关当事人退还非法占用的土地并限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
一、
如何处理非法建筑
违规建筑处理如下：正在建设中的违规建筑由城乡规划主管部门责令停止建设，可以消除影响的限期改正、处建设工程造价5%以上10%以下的罚款；已经建设完毕的违规建筑无法消除影响的限期拆除，不能拆除的予以没收、可以并处建设工程造价10%以下的罚款。
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条
未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
二、
违法建筑和违章建筑的区别
从法律意义上，违法建筑与违章建筑的区别主要是范围不同，违法建筑的范围窄，仅指违反法律、行政法规的规定所建造的建筑物。找法网提醒您，违章建筑的范围较宽，指违反法律、法规和规章的规定所建造的建筑物。《国有土地上房屋征收与补偿条例》使用了“违法建筑”，显然将违法建筑认定为狭义的违章建筑。
三、
违法建筑包括了哪些
违法建筑包括：
1.占用已规划为公共场所、公共设施用地或公共绿化用地的建筑;
2.不按批准的设计图纸施工的建筑;
3.擅自改建、加建的建筑;
4.农村经济组织的非农建设用地或村民自用宅基地非法转让兴建的建筑;特区内城市化的居民委员会或股份合作公司的非农业用地非法转让兴建的建筑;
5.农村经济组织的非农业用地或村民自用宅基地违反城市规划或超过市政府规定标准的建筑;
6.擅自改变工业厂房、住宅和其他建筑物使用功能的建筑;
7.逾期未拆除的临时建筑;
8.违反法律、法规有关规定的其他建筑。